微生物通过代谢将污染物氧化分解为二氧化碳和水等最终产物，或转化为微生物和植物的营养物质，比如光合细菌和芽孢杆菌等，能将恶臭气体硫化氢转化成自身生长所需要的硫元素。
有的微生物含有多糖类黏性物质，可以吸附环境中的污染物。刘志恒强调，我国土壤重金属污染形势严峻，利用微生物吸附重金属离子，是目前最有发展前景的治污方法之一。
用微生物菌肥拌种有促进作物出苗和分蘖生长作用，能够提高各主要器官干物质积累量。在减少化肥用量同时用生物菌肥拌种处理的情况下，与常规施用化肥相比，产量和品质均高于后者，且可以改善土壤环境，如丰富土壤微生物群体，疏松土壤，改善土团粒结构等等。
